San Vito cuenta con un área de 74,88 km²7 y una altitud media de 1009 m s. n. m.
Está asentado en una altiplanicie de topografía muy irregular, en las estribaciones de la cordillera de Talamanca. El río Java, de curso angosto y torrencial, trascurre de noroeste al sureste en las afueras de la población.
En un sentido geomorfológico, San Vito está ubicado sobre el Valle de Coto Brus, que corresponde a una depresión provocada por la actividad tectónica que se extiende desde San Isidro hasta Panamá. Como tal, es un valle convergente, es decir que tanto el Valle de Coto Brus y el río que la recorre (Coto Brus) se unen al Valle del General formando la llanura del río Térraba. El distrito presenta estribaciones montañosas conformadas por pequeños valles y altiplanicies de superficie irregular, por lo que sus ríos discurren de un forma rectilínea y torrencial.